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劳动者与公司有工伤纠纷的处理方式：要求用人单位垫付医疗费，进行治疗；收集劳动关系的相关证明；进行工伤认定；进行劳动能力鉴定；申请劳动仲裁，索赔工伤待遇。法律依据：《工伤保险条例》第五十四条职工与用人单位发生工伤待遇方面的争议，按照处理劳动争议的有关规定处理。《劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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处理工伤纠纷的办法：对于单位与劳动者之间的工伤纠纷，可以通过协商、申请调解、劳动仲裁等方式来处理；而对于单位或劳动者与社保局、劳动局之间的工伤纠纷，可通过行政复议或者行政诉讼的方式来处理。法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。《工伤保险条例》第五十五条有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼：（一）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；（二）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；（五）工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。

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对于工伤纠纷，一般会这样处理：1、当事人之间进行友好协商；2、由第三人调解处理解决工伤纠纷；3、指定机构仲裁解决工伤纠纷；4、向有管辖权的人民法院提起诉讼。法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

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