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个人缴纳部分的社保应当从工资里扣，《工资支付暂行规定》中有明确规定，用人单位可以从工资中代扣应由劳动者个人负担的各项社会保险费。并且要及时告知劳动者本人。法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

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法律分析：单位全额从员工工资中扣除社保属于违法的行为,本身只要建立劳动关系,无论是否在试用期都应当为员工缴纳社会保险,而社保扣除时只能扣除个人缴纳部分。如果公司全额代扣社保部分,可以向当地劳动监察部门举报。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第十二条用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。第六十条用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。

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法律分析：社保从底薪里扣是合理的。社保分企业部分和个人承担部分，如果是个人应该承担的部分，从工资扣是合理的。缴纳社会保险是是国家强制性的要求，国家文件里的都写得是缴纳，缴纳带有强制性的意思，和交纳含义是不一样的，如果不缴纳，会受到相应的处罚。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。

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