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合作医疗报销有时间限制。农村合作医疗报销期限各地规定不一样,一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。跨结算年度2个月，原则上不予结算。参合农民患病住院，可在全市范围内自由选择定点医疗机构就诊。确因病情需要转到市外医疗机构就诊的，患者本人或其亲属必须在3个工作日内报市合管中心备案，以便核查。转至市外住院的医疗机构必须是公立二级以上医疗机构。在外务工的参合农民，因病在当地公立医疗机构就诊，由本人或其家属在3个工作日内向市合管中心申请备案，其发生的符合新型农村合作医疗支付范围的住院费用，先由个人垫付，治疗终结后凭当地公立医疗机构提供的出院记录、住院收费清单、收费收据，到市合作医疗经办机构申请办理补偿手续，经审核符合补偿条件的按市外医疗机构报销比例予以补偿。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。 《中华人民共和国社会保险法》第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:（一）应当从工伤保险基金中支付的；（二）应当由第三人负担的；（三）应当由公共卫生负担的；（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。

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合作医疗报销是有时间限制的。一般新型农村合作医疗的报销时间是当年之内，如果花费的医疗费用跨年度的，则一般不超过一季度，具体则根据各地的相关规定来确定。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

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法律分析：医疗报销的到账时间通常有以下两种情况：1、短时间内到账，报销结算时即时到账或几天内到账。带齐相关材料，到指指定地点办理报销，报销费用当时直接给付现金或汇款至指定账号。现在很多地区的医保与医院实时结算，在入院前出示相关的参保资料报备，出院时就可以结算。2、长时间到账，1-2周内，甚至1-2个月内。北京地区之前就是要很长时间才能到账。通常一般在当月内完成结算。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

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