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建设工程合同纠纷的处理流程是，当事人可以先自行协商，然后协商不成的，可以依法向法院起诉或申请仲裁；再由法院或仲裁机构审理，并进行调解；调解不成的，及时作出相应的裁决。法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第九十三条人民法院审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。第九十九条调解未达成协议或者调解书送达前一方反悔的，人民法院应当及时判决。第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。第一百二十条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。《中华人民共和国仲裁法》第四条当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。

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工程合同纠纷的处理方式是：有约定的按约定；没有约定的可以进行协商；协商不成的可以申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。行为人也可以不经过调解，直接诉讼或仲裁。法律依据：《民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：（一）当事人的姓名或者名称和住所；（二）标的；（三）数量；（四）质量；（五）价款或者报酬；（六）履行期限、地点和方式；（七）违约责任；（八）解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

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建设工程合同纠纷处理流程：当事人可以按照平等互利的原则私下进行和解，和解不成可请第三方加以协商解决；协商不成时可以根据建设工程合同的约定交由指定机构进行仲裁，仍未解决的可以向人民法院提起诉讼。法律依据：《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

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