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分居三年起诉离婚的手续是：可以向人民法院提起离婚诉讼，同时提交起诉状、身份证、结婚证和夫妻感情确已破裂的证据，人民法院经审理认定夫妻感情确已破裂的，应准予离婚。法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：（一）重婚或者与他人同居；（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；（四）因感情不和分居满二年；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

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分居三年起诉离婚程序具体如下：1、原告依法向人民法院递交起诉书并且提交证明分居三年的证据；2、法院立案；3、送达传票；4、开庭。且需先进行调解，调解无效的，依法进行审理；5、宣判。法律依据：《民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。第一百二十五条人民法院应当在立案之日起五日内将起诉状副本发送被告，被告应当在收到之日起十五日内提出答辩状。

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分居多久都可以起诉的。法律并无相应的限制。且起诉满足原告是婚姻当事人、有明确的被告、有具体的诉讼请求等条件，法院应予以受理，并进行调解，确认感情破裂，且经调解无效的，应准予离婚。法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

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