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厂里扣员工工资一般是不合法的，但如果是代扣代缴社保、个税等费用，则是合法的。员工的工资应当每月以货币形式按时足额进行发放，不得克扣或者无故拖欠。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第八条对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

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用人单位克扣工资不合理，以下情形除外：法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

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用人单位无故克扣工资的行为是不合理。劳动者可向劳动监察大队举报；但劳动者违反用人单位的规章制度，且用人单位已依法在规章制度中明确扣除工资的要求标准并已率先进行公开公示告知员工的可视作合理，当月所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

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